O Hospital Infantil Darcy Vargas foi inaugurado no dia 25 de dezembro de 1958. Inicialmente, foi denominado “Hospital Infantil Morumby S.A.” e, posteriormente, no começo da década de 60, foi alterado para Hospital Infantil Darcy Vargas, em homenagem a ex-primeira dama, esposa do ex-presidente Getúlio Vargas, que governou o país no período de 1930 a 1945 e de 1951 a 1954, e fundadora da Legião Brasileira de Assistência no ano de 1942.
O projeto arquitetônico, em estilo monobloco, é de autoria do arquiteto Oswaldo Arthur Bratke, falecido em 1997.
Logo após a inauguração, o hospital, idealizado por particulares, foi encampado pela LBA – Legião Brasileira de Assistência, instituição vinculada ao Governo Federal. Mais tarde, em 01 de abril de 1978, através da Lei nº 6439/77 e Portaria MPAS nº 838/77 foi repassado ao INAMPS – Instituto Nacional de Assistência Médica da Previdência Social, órgão vinculado ao Ministério da Saúde.
Em 1988, com a celebração do Convênio SUDS 1/88 (Sistema Unificado e Descentralizado de Saúde) entre os Governos Estadual e Federal, a administração do hospital passou para a Secretaria de Estado da Saúde de São Paulo.